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Int J Mol Sci | m6A甲基化修饰对糖尿病小鼠认知功能障碍的调控机制

发布时间:2024-08-02
N6-甲基腺苷(m6A)是真核动物mRNA中最终要的转录后掩盖,在真核动物的病理学和生理方面阶段中起着至关非常重要的效应。尿毒症了解思维障碍就是种不可逆性的神经系统化末梢神经系统化系统化退行性的疾病,当下进展着实切策略还是阐释,还有由于缺乏合理的以防和治愈技术。

2024年2月6日,北京大学医学部联合首都医科大学附属北京朝阳医院在International Journal of Molecular Sciences上发表题为“Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice”的研究文章。研究人员探讨了高脂肪饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化的相关机制。该成果中拜谱生物学为其提供m6A甲基化具体分析高技术产品,为糖尿病小鼠高脂肪饮食诱导的认知功能障碍机制提供了新的线索。

优秀文章分类:Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice(Int J Mol Sci.,IF=6.2,2024.2)

业主企业:北京大学医学部、首都医科大学附属北京朝阳医院

分析板材:小鼠脑组织

拜谱带来技术水平:m6A甲基化(MeRIP-seq)

前言图:

图1| 结语图(图源:Zhaoming Cao, et al., Int J Mol Sci., 2024)

理论研究的结果

1.DCI小鼠海马中m6A基因遗传淡化的变换

学习者前提建造了高脂饮食营养和自我认同障碍性(DCI)的小鼠沙盘模型。为十分差表组(n = 3)和DCI组(n = 3)直接的m6Adna体现,学习者使用的MeRIP-seq做好了转录组范围内内的m6A-seq浅析。在DCI组的10664个打码dna转录物(mRNAs)中国致公党出现 差表组的23716个不重复的m6A峰。不同之处后,DCI组成绩出23,756个非重复m6A峰。在这其中,9347个甲基化dna在差表组和DCI组直接重复(图2)。

图2| 比对组和DCl组m6a修饰语DNA的维恩图

共鉴别出1274个对比定量分析甲基化的m6A位点(DMMSs),这里面60.88%(778/1278)和39.12%(500/1278)的甲基化品质有强势高过相较比较组。定量分析其匀称图图图症状找到m6A峰匀称图图图在一小部分RNA中(图3A),并随着其匀称图图图的转录地方有一下五组:5'UTR、3'UTR、转录初始位点地方场面、暂停支付密码忘了锁子场面、初始支付密码忘了锁子场面和识别码回文序列(CDS)。m6A峰的在3'UTR、CDS和暂停支付密码忘了锁子左右强势丰度(图3B)。要分析测试以上人类DNA上m6A遮盖的地方,深入分析职工需求了有峰注解的地方,并核查了以上人类DNA上reads的所普及率。在DCI组中,m6A遮盖区偏袒于3'UTR区(图3C)。其他mRNA内的DMMS都被追踪定位到脱色体上不去分析测试其匀称图图图慨况。有所差异小鼠脱色体的m6A遮盖谱有所差异。

图3| 小鼠海马中m6A甲基化图谱的影响

为了更好地开展m6A装饰在DCI小鼠中的海洋物理学工作,设计工作员从2组选定择有效DMMS的核膳食纤维商品编码DNA使用GO和KEGG了解(图4A)。在GO了解中,高甲基化DNA在组织阶段、海洋怪物阶段监测、崔化几丁质酶和杂环氧化物联系中同质性生物含有。KEGG数字信息信息径路了解体现,高甲基化DNA与T组织肾上腺素感觉数字信息数字信息信息径路、小组织癌症和RIG-I样肾上腺素感觉数字信息数字信息信息径路相同步(图4B)。相对低甲基化DNA,GO了解体现在组织阶段、细胞代谢阶段和联系阶段中同质性生物含有生物碳环氧化物、联系杂环氧化物和崔化几丁质酶(图4C)。KEGG数字信息信息径路了解阐述了低甲基化DNA与肥厚性心肌病和Hippo数字信息数字信息信息径路的同步(图4D)。

图4| 距离甲基化m6A位点的通道生物富集

2.m6A MeRIP-Seq和RNA-Seq信息的联和讲解

陆陆续续钻研人员管理将m6A MeRIP-Seq的数据资料具体分析和原本RNA-Seq的数据资料具体分析采取整合具体分析,察觉163个mRNA,m6A峰和mRNA平行更为明显更改。41种mRNA的m6A和mRNA平行上浮,14种mRNA平行上涨。然而,30个遗传DNAmRNA抒发上浮,m6A平行上涨,73个遗传DNAmRNA抒发上涨,m6A平行上浮(图5A)。另外,引入一堆个PPI电脑网络来屏幕上显示163个遗传DNA编号规则的蛋白酶互相的链接(图5B)。

图甲6如图,GO和KEGG讲解可以分为四组:(1) m6A上浮,mRNA调整;(2) m6A上浮,mRNA上浮;(3) m6A调整,mRNA调整;(4) 表观遗传m6A调整和mRNA上浮。在GO讲解中,m6A上浮和mRNA调整的表观遗传在癌癌上皮细胞核分泌时候、香熏族化学物质怪物合成视频时候和RNA分泌时候的监测中明显含有。KEGG讲解展现,某些表观遗传在油脂酸分泌、小癌癌上皮细胞核肺腺癌、丙酸分泌和甲苯酸分泌中含有。而对于m6A上浮和mRNA上浮的表观遗传,GO讲解展现在亚铁构建在一起、亚胺丙氨酸脱羧酶化学活化、天冬氨酸1-脱羧酶化学活化和癌癌上皮细胞核衔接折装负监测中含有;KEGG讲解展现在2型胃癌、油脂癌癌上皮细胞核指数移动警报警报径路和胰岛素移动警报警报径路中含有。在GO讲解中,m6A调整和mRNA调整的表观遗传在寡肽构建在一起、谷胱甘肽构建在一起和二硫氧化的反应物氧化的反应备份酶化学活化中含有,而在KEGG讲解中,两者在百香果酸循环法法(TCA循环法法)、丙酸分泌和多种群凋亡中含有。在GO讲解中,m6A调整和mRNA上浮的表观遗传在胚胎骨软骨行态發生、蛋清激酶化学活化成功激活和NADP分泌时候中含有,在KEGG讲解中,m6A调整和mRNA上浮表观遗传在新霉素、卡那霉素和运动神经各种营养成分摄入指数移动警报警报径路中含有。

图5| m6A甲基化与mRNA抒发的联手具体分析

图6| 163个DEGs和DMMS的GO和KEGG分析一下

拜谱生物技术总结ppt

本研究表明高脂饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化。这些改变导致与神经退行性疾病相关的基因甲基化模式的改变,特别是在小鼠的海马区。这些发现为高脂肪饮食诱导糖尿病小鼠认知功能障碍的机制提供了新的见解,可能为糖尿病诱导的海马病变提供新的治疗策略。这一过程中拜谱海洋生物提供了m6A甲基化的技术服務,拜谱生物学可提供完善成熟的球蛋白组学、基础代谢组学、转录组学及几组学综合的产品系统售后服务,欢迎致电咨询!

基准文献资料:Cao Z, An Y, Lu Y. Altered N6-Methyladenosine Modification Patterns and Transcript Profiles Contributes to Cognitive Dysfunction in High-Fat Induced Diabetic Mice. Int J Mol Sci. 2024. doi: 10.3390/ijms25041990.

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